El IER depende de la Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo de la Universidad Nacional de Tucumán. Su objetivo es estudiar los sistemas ecológicos del subtrópico americano, haciendo énfasis en ecología regional e interacciones naturaleza sociedad. Brinda asesoramiento para el manejo de ecosistemas y la solución de problemas ecológicos, además, propicia interacciones con instituciones y personas nacionales y extranjeras y promueve el desarrollo sustentable, la conservación de la diversidad regional y los servicios ambientales de los ecosistemas.

En el IER funciona la sede del Sistema de Monitoreo Ambiental (SIMA) para la evaluación permanente de cambios en los ecosistemas del noroeste argentino a distintas escalas espaciales y temporales. Actualmente el SIMA maneja información sobre dinámica de bosques, cambio de uso de la tierra, dinámica de fuegos y dinámica de ecosistemas alto andinos, siguiendo la metodología GLORIA.